松浦鎮信は豊臣秀吉の九州平定に加わり所領を安堵されました。その後は肥前国平戸藩初代藩主となり、西暦1599年に日の岳城を築城しました。しかし、徳川方に恭順の意があることを示すため1613年に自ら火を放って焼失させました。その後は近代的な城を持たずに御館を藩庁としていました。1702年に幕府に築城の許可を願い、1718年に日の岳城跡に完成したのが平戸城です。山鹿流兵学で有名な山鹿素行と、平戸藩四代藩主が協議して設計されたと云われています。
天守閣に登れば平戸大橋など市街を一望出来るだけでなく、平戸市の名所を見渡すことが出来ます。天然記念物に指定されている黒子島の原生林や平戸瀬戸の急潮、さらには壱岐の島も見ることができます。城内には平戸藩主が愛用した乙宮御神号鎧など、平戸藩時代の文化財が数多く展示されています。また、亀岡公園を散策すると至る所に平戸城の昔の姿を垣間見ることができ、なかでも狸櫓と北虎口門は江戸時代から残る建築物となっています。他にも長崎県指定の天然記念物であるマキ並木があります。